合肥光源于2012年5月开始停机进行重大维修改造项目，尽快完成改造，通过验收并对用户开放，是实验室的生存之本。2014年8月上任时，合肥光源重大维修改造项目已推迟两年不能正式验收、合肥光源运行经费停拨，陆亚林教授上任之时就将此项工作列为重中之重，通过一系列保障措施，该项目于2014年10月通过了第一阶段工艺测试，2014年12月通过了第二阶段工艺测试和工艺验收，2015年1月投入试运行，2015年4月和7月，相继完成了设备、财务验收和档案验收，2016年1月圆满通过正式验收。经过升级改造，合肥光源加速器的总体性能和光束线、实验站的性能均有了显著提升，部分指标达到或接近三代光源水平。合肥光源重大维修改造项目的完成作为合肥光源发展的里程碑，反响热烈，得到了人民日报、新华网、中国新闻网、科技日报等国内重要媒体和安徽省、合肥市多家媒体的重点报道。合肥光源工程建设团队并因此荣获“2014年度杰出研究校长奖”。

升级改造工程完成以来，合肥光源的运行开放水平更进一层，圆满完成中国科学院下达的计划目标，开机率、平均无故障机时等关键运行指标参数继续保持国际同行装置公认的优秀水平，申请课题数、实验人次和用户单位数大幅增长，机时供不应求，体现合肥光源服务能力和服务领域逐步提升和扩大，合肥光源荣获“2016年度中国科学院重大科技基础设施综合运行奖”二等奖。2016年度，合肥光源共发表用户学术论文196篇，其中SCI一区论文44篇，包括Science 2篇，一项成果入选“2016年度中国科学十大进展”；2017年度发表论文数首次超过300篇(325)，其中1区论文数首次超过100篇(116篇)；2018年度发表论文402篇，其中1区论文169篇；2019年上半年发表用户论文218篇，其中一区论文117篇。平均每条线站的成果产出数量已接近国际三代光源水平。

为进一步提升光源运行质量，谋划布局好合肥光源下一步的性能提升计划,陆亚林教授主动出击,与科学院条财局多次沟通协调,成功获得了下列维修改造支持:

合肥光源供电系统改造（2015年，1986万元）：供电系统于上世纪80年代中期建成投入使用，历次改造中均提出供电系统改造，但由于经费无法落实，一直未能进行。经过与中国科学院条件保障与财务局的多次沟通，2015年批准合肥光源供电系统改造专项（经费数占当年院维修专项经费总额约1/3)

合肥光源恒流运行关键系统改造（2016年，557万元）：恒流运行对进一步提升合肥光源束流品质具有非常重要的意义，在合肥光源重大维修改造项目刚竣工和院大科学装置维修改造经费不支持设施性能提升类项目的困难局面下，经过努力争取，于2016年度获批立项。

并在2017-2019年期间，争取中科院大科学装置维修改造经费及合肥大科学中心的经费支持下，分批对ARPES（2017年度，696万元）、MCD（2017年度，531万元）、光电子能谱（2018年度）等光束线站进行改造，并对储存环高频系统关键设备进行维修改造（2018年，650万元），进一步提高装置运行的稳定性及性能优化。